Микеланджело устраивается на работу разносчиком пиццы.

Но кто его новый босс?

Межпространственный инопланетный космический корабль приводит Бакстера Стокмана к его последнему мстительному замыслу уничтожить Черепашек и Шреддера.

Бибоп и Рокстеди разыгрывают представление, чтобы заставить Черепашек съесть печенье, но не обычное печенье, потому что это печенье может превратить их в людей!

Желая узнать, каково это - быть человеком, Микеланджело съедает печенье и становится им.

Хотя эффект от превращения время от времени ослабевает, он все равно возвращается.

Тем временем Черепахи ищут Микеланджело с противоядием от антимутагена, пока он не уничтожил его, а два головореза Шреддера просят помощи у своей старой банды, чтобы ограбить корабль.

И в это время Эйприл пытается “присоединиться” к банде, чтобы получить статью для Бёрна.

Старший брат Зака, Уолт, крадет редкий мешочек, в котором находится единственная карта к логову Черепашек.

Черепашки должны очистить свои имена, когда их считают похитителями драгоценностей, укравшими бесценный изумруд во время магического представления, которое проводил иллюзионист по имени Болдини.

Нахальный инопланетный комик из измерения Z (по манерам напоминающий Пи-Ви Германа) сбегает на Землю, чтобы доставить Черепашкам-ниндзя большие неприятности.

После нескольких неудачных попыток вновь запустить Технодром, Шреддер и Крэнг устраивают последний отвлекающий маневр для Черепашек в Форте Чарльз, в то время как Бибоп и Рокстеди крадут энергетические топливные элементы из соседнего космического исследовательского центра.