Посещение Земли полярисоидом приводит к хаосу, когда Шреддер (а позже Эйприл О’Нил) завладевает камерой пришельца, ведь она умеет не только делать снимки.

Шреддер завладевает древним мечом ниндзя, сделанным из инопланетного металла, который позволяет ему “рассекать” измерения.

Шреддер и Крэнг создают любовное зелье, которое заставляет Леонардо, Микеланджело и Рафаэля влюбиться в Ирму.

Донателло бросается на поиски противоядия, пока Шреддер не выкачал всю энергию из атомной подводной лодки, а Рокстеди, приняв дозу зелья, влюбляется в Эйприл.

Обеспокоенный тем, что Шреддер скоро победит, Леонардо берет отпуск, сомневаясь в своем лидерстве.

Тем временем Крэнг и Шреддер выкачивают солнечную энергию из Солнца с двойной целью - запитать Технодром и ввергнуть Землю в очередной Ледниковый период.

Без Леонардо три другие черепахи пытаются помешать Шреддеру, по очереди сменяя друг друга в роли лидера, но каждый из них понимает, что должен преодолеть свои собственные недостатки, например, Рафаэль придерживается принятого решения, Микеланджело становится более серьезным, а Донателло необходимо анализировать даже самые очевидные факты.

Таинственный человек, обитающий в канализации, обладает неестественной способностью подчинять себе крыс.

Сможет ли Сплинтер противостоять ему или уничтожит Черепах по приказу Крысиного Короля?

Став свидетелями того, как живой динозавр бродит по городу и внезапно исчезает, Черепашки идут по его следам в большую дыру, где их ждет шокирующее открытие: пещеру, где до сих пор бродят динозавры.

Тем временем Шреддер и его головорезы-мутанты Бибоп и Рокстеди также находятся там, но для того, чтобы забрать кристалл, необходимый Крэнгу для подзарядки энергетических элементов Технодрома.

Черепашки обнаруживают, что кристалл является источником всех форм жизни в пещере, и должны вернуть его, прежде чем все они будут уничтожены.

В разгар летней жары кто-то уничтожает все кондиционеры и забирает весь городской фреон.

Тем временем Вернон и Берн отправляются на поиски Черепах, но находят кое-что другое.