Черепахи пытаются помешать технобанде Дрегга украсть протонный ускоритель, но из-за вмешательства Картера пришельцам удается сбежать.

Устройство нужно Дреггу для ремонта его Молекулярного конвертера, но Черепашкам нужно раскрыть истинные намерения Дрегга.

Дрегг нанимает инопланетного охотника за головами по имени Медуза, чтобы тот помог захватить Черепашек.

Черепашки должны дать отпор этой новой угрозе.

Тем временем Картер понимает, что он больше мешает, чем помогает.

Черепашки отправляются доказать истинные мотивы Дрегга, после того как их чуть не арестовала военная полиция в лаборатории Гипер-Дайна.

Банда Техно похищает вещество под названием X-Fire - взрывоопасное топливо.

Черепахи также продолжают бороться со своими нестабильными мутациями.

Тем временем вылупляется и начинает терроризировать город инопланетный слизень, названный Слорром.

Используя Гипнопередатчик, Дрегг выводит из строя все телестанции города гипнотическим сигналом, который становится постоянным через 20 минут.

После того как Черепахи уничтожают его передатчик, Дрегг решает воспроизвести мутаген Черепах, чтобы сделать свою Техно-банду непобедимой.

Появляется новый враг в виде одержимого временем Хроноса, который вверг город в хаос из-за того, что все часы вышли из строя.

Смогут ли Черепашки, Эйприл О’Нил и Картер остановить его, пока не стало слишком поздно?

Дрегг планирует построить Звездный щит - устройство, которое, как утверждает Дрегг, защитит Землю от враждебных инопланетных захватчиков.

Тем временем Черепашки с помощью Эйприл и ее мини-камеры надеются разоблачить Дрегга как мошенника.

Черепашки также узнают, что Дрегг создал андроида - копию Картера.

Межпространственное существо по имени Думквест прибывает на Землю, чтобы попытаться заполучить у лорда Дрегга мощный кристалл.

Черепашки обнаруживают, что их нестабильные мутации теперь приводят к тому, что они теряют рассудок всякий раз, когда мутируют в новые формы.

В конце концов, Эйприл удается успешно разоблачить истинные намерения лорда Дрегга перед всем миром.