Двое заключенных из Измерения X попадают на Землю, когда портативный портальный генератор Донателло выходит из строя.

К сожалению, вместо них в тюрьму Измерения Икс попадают Вернон и Ирма.

Черепашки должны победить этих заключенных и каким-то образом спасти Ирму и Вернона.

Пока сенсей Сплинтера, Мого-сан, гостит в Нью-Йорке, преступная банда ниндзя, известная как Банда Черного Сердца, терроризирует город, совершая преступления, а внук Мого-сана, Йоку, является их лидером.

Черепашки и Сплинтер должны помешать Шреддеру и Банде Черного Сердца украсть секретные карты ядерных ракетных площадок. 

Черепашки обнаруживают город атлантов, но не в Древней Греции, а в наше время.

После встречи с Мердудом, который на самом деле является настоящим королем Атлантиды, Черепашки должны победить Шреддера и свергнуть Бибопа, которого подставили в качестве короля-марионетки.

Открылся новый тематический парк развлечений с аттракционами “Сегун”, “Средневековье” и “Будущее”.

Черепашек приглашают опробовать аттракционы, но когда роботы в парке начинают играть слишком грубо, у Черепашек начинаются большие проблемы.

Вернув Технодром на поверхность, Шреддер и Крэнг заманивают Черепашек в ловушку и отправляют их в Измерение X, где они становятся рабами.

Тем временем Шреддер и Крэнг снова возвращаются на Землю и пытаются захватить мир.

Пока Черепахи работают над использованием фрагментов Вихревого кристалла для стабилизации своих мутаций, Лорд Дрегг планирует использовать эти фрагменты для создания другого Вихревого кристалла, который будет питать его Вихревой транспортер.

Тем временем второй помощник Дрегга, ХайТек, вылетает в космос, и его место занимает лучший ученый Дрегга, Мунг, в качестве нового второго помощника.

Таинственный молодой человек, следивший за передвижениями Черепах, хочет тренироваться под руководством Мастера Сплинтера.

Тем временем Черепахи пытаются остановить планы Лорда Дрегга по мировому господству.

Оказывается, что мутации черепах стали нестабильными.