За другом Черепашек, Кермой, охотится разрушитель из-за сбоя в его сенсорах.

Эсминец должен был выследить космического пирата по имени Нерма, но из-за сбоя получилось “Керма”.

Тщеславная галактическая преступница по имени Шрика ищет свое кольцо силы, которое у нее забрал Крэнг.

Проблема в том, что кольцо теперь у Эйприл О Нил.

Машина заставляет Землю приближаться к Солнцу.

Невероятно умный племянник Вернона, Фостер, помогает Черепашкам в их приключении.

Из-за новейшего изобретения Донателло - шлема “Dream-o-Vision” Микеланджело и Леонардо застряли в мире кошмаров, а логово терроризирует человек, похожий на Фредди Крюгера.

Черепашки помогают человеку с изуродованным лицом (которое на самом деле было засохшей краской) остановить ограбление банка.

Когда инопланетный луч превращает его в супергения, Слэш возвращается на Землю, намереваясь превратить все население Нью-Йорка в таких же черепах-мутантов, как и он, оставив Донателло отбиваться от него.

Леонардо теряется, и Рафаэль, Донателло и Микеланджело должны найти его, пока Сплинтер тренируется.

Тем временем, узнав об исчезновении Леонардо, Шреддер и Крэнг используют Голографическую Маскировочную Машину на Бибопе, чтобы сделать его похожим на пропавшую черепаху, и заставляют его устроить неприятности, чтобы испортить репутацию черепашек.