После стычки с мутантным дуэтом быка и крота - Сурка и Грязнулей - Черепахи и их новые враги попадают на Шеллри-Ла к инопланетному “черепахоиду” по имени Керма, где наши герои должны помочь защитить его планету от двухголового дракона по имени Герман Ужасный.

После победы над Германом Ужасным и разоблачения двух делегатов-отступников от Черепахоидов на Шелл-Ри-Ла, Черепашки возвращаются на Землю, где им предстоит уничтожить новый Технодром Шреддера Mark II, а затем победить Хром Купол.

В рамках своего последнего плана Крэнг привозит на Землю генерала Траага из Измерения X, чтобы отвлечь Черепашек, а Крэнг пытается обратить лазер в лед и освободить Технодром из его тюрьмы на Северном полюсе.

Тем временем Донателло осваивает новый боевой прием, Ву Вэй, когда один ниндзя бездействием обращает атаку противника против него самого.

Когда Бибоп и Рокстеди случайно ломают один из компьютерных чипов в теле робота Крэнга и пытаются заменить его чипом от портативной игровой системы, он оживает и начинает буйствовать.

В погоне за ним Шреддер сильно падает, в результате чего страдает амнезией.

Тем временем Микеланджело не перестает играть в видеоигру, что очень раздражает остальных Черепах.

Ирма получает супермагнитные способности и начинает бороться с преступностью.

Она решает помешать плану Крэнга.

Когда ее силы иссякают, Черепашки настигают Крэнга и спасают Ирму.

Действие происходит на Хэллоуин.

Микеланджело случайно превращает Леонардо, Рафаэля и Донателло в пятилетних детей с помощью “Ревивафира еды” Донателло (машины, которая превращает старую и гнилую еду в свежую), в то время как Сплинтер находится в отключке.

Таинственный ниндзя крадет мощный меч, принадлежавший его старому хозяину, чтобы проверить ниндзя-дух Черепашек.