Ботаник-мускулист захватывает троих Черепашек, и неохотно идущий Леонардо вынужден просить Кейси Джонса помочь спасти их.

Используя гипнотический микрофон и динамик, Шреддер захватывает радиостанцию и передает сигнал, который отправляет население Нью-Йорка в измерение под названием “Бездна Крэнга”.

Рафаэль, изучая маскировку, пытается спасти Черепашек, когда его принимают за мафиози по кличке “Бешеный пес МакМатт”.

Сумасшедший профессор по имени Миндбендер создает робота-правоохранителя по имени “Лекс” для борьбы с преступностью в Нью-Йорке, но в итоге Лекс начинает арестовывать множество невинных людей за самые незначительные нарушения.

Поскольку другие Черепахи недосягаемы, Леонардо должен раскрыть свои врожденные способности, чтобы остановить этого робота-изгоя, прежде чем он и Миндбендер объявят себя диктаторами города.

Зак, юный друг Черепашек, после многочисленных ложных сообщений об инопланетянах попадает в военный лагерь, но оказывается, что два настоящих пришельца, Вингнут и Винтлуз, промывают мозги курсантам, чтобы те стали их армией, и для победы над ними нужно позвать Черепашек.

Полярисоид Фрип возвращается на Землю со своей семьей, чтобы навестить ее, и в итоге вынужден просить Черепашек о помощи, чтобы вернуть свою камеру и помочь им остановить последний план Крэнга по захвату города.

Во время посещения египетской выставки Микеланджело принимают за фараона по имени “Амун Турт-Эль”, также известного как “Священная черепаха”.