В результате несчастного случая два мусорщика мутируют в Мукмана и Джо Глазастика.

Выясняется, что слизь Мукмана ослабляет Черепах, и Шреддер уговаривает его работать с ним.

Когда на город обрушивается внезапное нашествие термитов, единственный супергерой, который может помочь - Бугмен - слишком спокоен за себя, чтобы помочь Черепахам победить его.

Во время испытания экспериментального Мута-шутера, изобретенного Крэнгом, Шреддер неожиданно превращает Наполеона Бонафрога в мускулистую, чудовищную версию самого себя.

Неисправность последнего изобретения Донателло приводит к тому, что Рафаэль верит в свою смерть и пытается спасти мир в одиночку.

Бакстер Стокман возглавляет рой мух в попытке завоевать Нью-Йорк и доказать свою значимость Шреддеру и Крэнгу, чтобы снова стать человеком.

Устав чинить все в логове, Донателло решает клонировать себя, чтобы иметь возможность работать над другими своими изобретениями.

Однако клон Донателло оборачивается против него и присоединяется к Крысиному Королю в попытке завоевать город с нашествием крыс.

Бибоп и Рокстеди проваливают очередной эксперимент с мутагеном, в результате чего появляется гигантское ледяное существо, которое Бибоп называет “Фрости”, а Шреддер использует это чудовище, чтобы заморозить Нью-Йорк, отвлекая Черепашек достаточно долго, чтобы он смог украсть термальную взрывчатку, необходимую для того, чтобы растопить Технодром ото льда.