Помогая Эйприл расследовать сообщение о нападении гигантских монстров на суеверную фермерскую деревню, Леонардо принимают за пришельца с другой планеты.

Одинокая Черепаха должна избежать вымирания и одновременно попытаться спасти Эйприл от безумного ученого.

Черепашки отправляются в Сказочное измерение, чтобы спасти город от Докилизатора Шреддера, а также подружиться с местным жителем этого измерения - зайцем Хокумом (по мотивам персонажа “Черепахи и зайца”).

В последующем эпизоде Хокум Харе и Черепашки отправляются на поезде, путешествующем во времени, в 2036 год, где узнают, что у Шреддера есть планы на будущий Нью-Йорк.

В итоге Черепашки из прошлого и будущего должны объединиться, чтобы помешать Шреддеру, пока его действия не привели к разрушению всего времени.

Семейный секрет раскрывается, когда лейтенант токийской столичной полиции Кадзу Саки прибывает из Японии, чтобы арестовать своего брата Ороку Саки, который оказывается главным врагом Черепах.

Шреддер и Крэнг отправляют Технодром из Измерения X на Землю, но Донателло перепрограммирует его так, что он терпит крушение в Арктике.

Странные сны Микеланджело заставляют его искать Мондо Гекко, ящерицу, попавшую в тот же омут, что и Черепахи.

В конце концов Гекко восстает против своего босса, Мистера Икс, и его бомбардировочной кампании.

Курьер случайно попадает в новый нестабильный мутаген Крэнга и обретает способность превращаться в кого угодно.

Шреддер уговаривает его помочь ему запустить Мутаген в космос и мутировать весь мир, но у этого “человека-мутагена” другие идеи.

Донателло наворотил черепаший фургон, но во время пробной поездки его угоняет семья деревенщин-грабителей.

Сможет ли Донателло вовремя вернуть фургон, прежде чем его братья узнают об этом?