Черепахи меняют сторону и узнают, что Шреддер - главный виновник кражи запонок, внезапно охватившей Нью-Йорк.

Когда из-за скачка напряжения игровой автомат выпускает Темпестру.

Леонардо должен остановить ее цифровой гнев, пока она не стала опасно могущественной.

Сплинтер внезапно исчез, и оставленная им записка заставляет Черепашек идти разными путями, но одного за другим их захватывают Кожеголовый и Крысиный Король.

Машина под названием Трансмогрификатор заставляет Рафаэля и таксиста поменяться телами, а позже выясняется, что дефект в том же маленьком устройстве может нанести очень большой ущерб городу, если его активировать.

Пытаясь связаться с Туманностью Черепах, Донателло встречает разумного инопланетянина-ящерицу по имени Алджернон (”Алгае” для краткости), который должен помочь ему и другим Черепахам спасти Эйприл от жадного человека по имени Враждебный Хайрам Грельч.

Неудачный эксперимент с мутагеном приводит к нашествию гигантских насекомых и арахнидов на Нью-Йорк.

У солдата по имени Альфа-1 повышается интеллект, но это приводит к восстанию солдат против Шреддера и Крэнга и изгнанию дуэта с Технодрома.