Доктор Полидориус, безумный ученый, замышляющий превратить все человечество в водных существ, создает Рэя, который обладает несколькими способностями различных морских видов.

Рэй похищает Эйприл О’Нил, и Полидориус превращает ее в женщину-рыбу, чтобы она стала его спутницей.

Бибоп и Рокстеди переодеваются в супергероев, чтобы украсть алмаз, который питает созданный Крэнгом лазер.

Тем временем Черепахи должны справиться с волной гипнотических рабов под командованием Дж. Гордона Голодающего.

Микеланджело должен спасти остальных Черепах, когда их захватывает злой ученый.

Черепашки должны нянчить и защищать от Шреддера и Крэнга молодую богатую девушку по имени Баффи Шеллхаммер, поскольку она знает формулу супертоплива, необходимого для Технодрома.

Микеланджело встречает своего любимого героя комиксов, спасая в канализации ослабленного Брика Брэдли, а затем вместе с Багменом сражается со злым Электрозахватчиком.

Шреддер задумал уничтожить Черепашек, но поскольку портал Технодрома не работает, он не может бросить им вызов на Земле, поэтому он использует телепортатор измерений, чтобы перенести своих врагов в Измерение X.

Донателло получает диплом университета Софо, но обнаруживает, что его приняли за девушку, и просит Ирму замаскироваться под него.

Тем временем настоящий Донателло обнаруживает заговор профессора Фило Софо с целью уничтожения Земли.