Бибоп и Рокстеди используют новый мутаген Крэнга на домашней черепахе Бибопа Слэше, чтобы он мог делать за них работу по дому.

Слэш убегает, и раздраженный предприниматель заставляет его подставить Черепашек-ниндзя.

Рафаэль и Микеланджело, недовольные его властным характером, случайно стреляют в Леонардо лучом, изменяющим личность, превращая его в любящего веселье “чувака”, который пренебрегает своими обязанностями.

Донателло, Рафаэль и Микеланджело должны помешать маэстро Г. Клеффу разрушить город.

После многочисленных неудачных попыток своих грызунов найти пищу, Крысиный Король узнает о заброшенной канистре с мутагеном, затерянной в канализации, и забирает ее себе.

Затем он похищает Ирму и Вернона и с помощью мутагена превращает их в своих рабов-мутантов с единственной целью - совершать набеги на продовольственные склады.

Позже выясняется, что мутации нестабильны и могут быть активны, только если Крысиный Король играет на своей гипнотической флейте.

Когда Микеланджело решает поставить одно из изобретений Донателло на максимальную мощность ради собственного развлечения, это заканчивается - в буквальном смысле - маленькой проблемой.

Эйприл и Вернон попадают под уменьшающий луч во время съемок военного корабля и присоединяются к Микеланджело в его диком приключении.

На Землю отправляется инопланетянин по имени “Зипп”, но этот маленький пришелец вскоре превращается в большую проблему.

Донателло изобретает машину, способную замораживать время, которую похищает сумасшедший профессор в рамках плана по завоеванию мира.

Кошмары ниндзя Лотос Блоссом приводят ее к странному артефакту, которым владеют Черепашки.

Артефакт содержит разгневанный дух, любимой жены, который находится глубоко внутри самой Лотос.