Когда генерал Трэгг и его войска нападают на столицу планеты Нейтрино, лидеры Нейтрино, король Зентер и королева Гиззла, отправляют через портал на Землю свою младенческую дочь Триббл, попросив Черепашек присмотреть за ней, но Триббл доставляет нашим героям большие неприятности.

Эксцентричный миллиардер Монро Кью Флем, который также является коллекционером, хочет собрать все памятные вещи Черепашек-ниндзя, которые попадут ему в руки, включая Эйприл О’Нил и самих Черепашек.

В Нью-Йорк прибывает звезда голливудских боевиков, чтобы прорекламировать свой новый фильм.

К сожалению, реальность сильно бьет по Микеланджело, когда он обнаруживает, что его киноидол - не такой уж и кумир.

Тем временем Шреддер и Крэнг крадут вещество, способное оживлять неодушевленные предметы.

Черепахи должны спасти Землю от масштабной утечки энергии и ее апокалиптического результата, отправившись на другую планету, где черепахи являются доминирующим видом.

Компьютер Технодром, замаскированный под электронную клавиатуру, оказывается на Земле, причем в самых неожиданных руках.

Черепашки отправляются в Сказочное измерение, чтобы спасти город от Докилизатора Шреддера, а также подружиться с местным жителем этого измерения - зайцем Хокумом (по мотивам персонажа “Черепахи и зайца”).

В последующем эпизоде Хокум Харе и Черепашки отправляются на поезде, путешествующем во времени, в 2036 год, где узнают, что у Шреддера есть планы на будущий Нью-Йорк.

В итоге Черепашки из прошлого и будущего должны объединиться, чтобы помешать Шреддеру, пока его действия не привели к разрушению всего времени.