Технодром снова работает, и Черепашкам предстоит помешать Шреддеру и Крэнгу выбраться на поверхность.

После нескольких неудач, включая запуск ракеты в сторону черепах в сельской местности Южной Дакоты, промахнувшись и взорвав гору Рашмор, Шреддер и Крэнг крадут все электричество Нью-Йорка и заряжают его в гигантские трансмерные врата, предназначенные для отправки Земли в измерение X.

Черепахи должны раз и навсегда победить своих врагов, прежде чем Земля будет уничтожена армией солдат-скал Крэнга.

В конце черепашки отправляют Технодром в Измерение X и становятся героями города.

Поскольку Технодрому очень нужно новое оборудование, Бибоп и Рокстеди отправляются на Землю, переодевшись в человеческую форму, чтобы захватить здание Шестого канала и переправить его в Измерение X.

Чтобы отвлечь Черепашек, Рокстеди и Бибоп также запускают робота, дублирующего Мастера Сплинтера, но он выходит из строя и начинает гопничать.

Новая лучевая пушка профессора вызывает буйство растений, а его любимец обезьяна Джоко превращается в огромную буйную обезьяну.

Используя ту же лучевую пушку, Донателло увеличивается до размеров Джоко, чтобы сразиться с гигантской обезьяной и спасти от нее Эйприл.

Пытаясь увидеть новые игрушки на ярмарке игрушек, Микеланджело натыкается на заговор с целью захвата известной компании по производству игрушек.

Черепашкам приходится сражаться с ожившей Терракотовой армией после того, как Шреддер похищает энергетическое устройство в форме гигантской жемчужины, которую держит и охраняет Нефритовый Дракон.

Крэнг освобождает Мийоко Саки, мать Шреддера, из дома престарелых. Шреддер угрожает правительствам стран мира сдаться Крэнгу, иначе он постепенно повысит температуру планеты, в результате чего Нью-Йорк оказывается в центре мощной тепловой волны.

Черепашкам помогает полковник Йогурт, офицер ВВС, чтобы помешать Шреддеру, которого начинают раздражать успехи его матери.