Нью-Йорк переживает волну преступности.

Репортер Эйприл О’Нил обнаруживает, что воры - ниндзя.

Когда на Эйприл нападает уличная банда, она убегает в канализацию, где четыре большие говорящие черепахи побеждают бандитов и забирают Эйприл в свое логово.

Там Эйприл встречает их наставника, крысу Сплинтера, который рассказывает ей свою биографию японского ниндзя Хамато Йоши.

Когда черепашки и Эйприл исследуют улицы на предмет происхождения воров, они обнаруживают группу роботов-ниндзя, в форме которых Сплинтер узнает клан Фут.

Прежде чем Эйприл успевает разоблачить их, ее похищает Шреддер.

Черепашки бросаются на ее освобождение.

Лидер клана Фут Ороку Саки, Шреддер решает вместе со своим напарником Крэнгом из Измерения X превратить двух бандитов в приспешников-мутантов с помощью мутагена, который создал Сплинтера и Черепашек-ниндзя.

Так Бибоп превращается в бородавочника, а Рокстеди - в носорога.

Пешие солдаты похищают Сплинтера, и Черепашки отправляются спасать его на Технодром.

Шреддер нанимает ученого Бакстера Стокмана, потому что его изобретение - роботы-крысоловы по имени Маузеры - может помочь ему найти Сплинтера.

После первоначальной атаки Маузеров Черепашки и Сплинтер прячутся в квартире Эйприл.

Шреддер впервые открывает портал в Измерение X.

Из него появляются три подростка, известные как Нейтрино, и два каменных воина Крэнга.

Черепашки подружились с подростками, но вскоре два каменных воина устанавливают специальное устройство для создания погоды, которое создает проблемы.

Шреддер передает черепахам сообщение, в котором показывает ретромутагенное оружие, способное превратить Сплинтера обратно в человека.

Когда Сплинтер отправляется за пистолетом, Шреддер завершает создание нового тела Крэнга и помещает его в него.

После того, как черепахи приходят на помощь Сплинтеру, им приходится иметь дело с Крэнгом и его новым телом.

После того, как черепахи побеждают Крэнга, а Сплинтер уничтожает ретромутагенную пушку, чтобы спасти черепах, Шреддер и Крэнг снова пытаются открыть портал.

Донателло меняет полярность, в результате чего весь Технодром оказывается втянут в Измерение X.

Шреддер возвращается из Измерения Икс.

Однако Крэнг говорит, что пока Шреддер не докажет, что заслуживает доверия, поскольку не смог победить черепах и Сплинтера с помощью технологии Крэнга, ему не помогут его Пешие Солдаты или Рокстеди и Бибоп, которые все еще застряли в Измерении Икс.

Шреддер отправляется в коррумпированную, захудалую школу карате и учит учеников совершать преступления, переодеваясь в Черепах, чтобы дискредитировать настоящих Черепах.

Шреддер также освобождает из-под стражи Бакстера Стокмана и поручает ему похитить Сплинтера.

Черепашки ищут осколки глаза Сарнота - кристалла, обладающего невообразимой силой.

Найдя первый фрагмент, Шреддер крадет его и использует для уменьшения черепах.

Шреддер также пытается убедить Крэнга, но Крэнг настаивает на том, что Шреддер поверит ему, только если он принесет черепашек на блюде для Крэнга.

Теперь в дело должны вмешаться Сплинтер и Эйприл О’Нил.

Эйприл удается увеличить Черепашек, но наши герои в итоге проигрывают, так как Шреддер сбегает с первым фрагментом.